สำนักงานเลขานุการ สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ได้จัดตั้งขึ้นโดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 18 (2) และ (5) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฎ พ.ศ. 2547ดำเนินงานตามระเบียบสภามหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ว่าด้วยการจัดตั้งและการดำเนินงานสำนักงานเลขานุการสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2552 ตั้งอยู่ ณ ชั้น 2 อาคารเฉลิมพระเกียรติ 50 พรรษามหาวชิราลงกรณ (อาคาร 20) สำนักงานเลขานุการ มีโครงสร้างการบริหารงานเป็น 4 กลุ่มงาน ดังนี้
1. งานบริหารทั่วไป รับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานธุรการและสารบรรณ งานการเงินและพัสดุ งานบุคลากร งานแผนงานและงบประมาณ งานติดตามประเมินผล และงานอื่นๆ ที่ผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดีหรืออธิการบดีมอบหมาย
2. งานกิจการสภามหาวิทยาลัย รับผิดชอบดำเนินงานด้านธุรการและเลขานุการสภามหาวิทยาลัย สภาวิชาการ คณะกรรมการส่งเสริมกิจการมหาวิทยาลัย และที่ประชุมผู้บริหารมหาวิทยาลัย การจัดเอกสารการประชุม การประสานงานกับคณะกรรมการชุดต่างๆ และงานนิติการที่เกี่ยวข้อง
3. งานประชาสัมพันธ์และมวลชนสัมพันธ์ รับผิดชอบดำเนินงานด้านการสื่อสารเพื่อการประชาสัมพันธ์มหาวิทยาลัย การสื่อสารองค์กร การถ่ายทอดและเผยแพร่นโยบาย ข้อมูลข่าวสาร และผลการดำเนินกิจการของมหาวิทยาลัยสู่บุคลากรภายในและประชาคมภายนอก การปฏิบัติการด้านมวลชนสัมพันธ์ทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย
4. งานวิเทศสัมพันธ์ รับผิดชอบดำเนินงานด้านการการติดต่อสัมพันธ์และประสานการดำเนินการกับเครือข่ายต่างประเทศ งานสารนิเทศ และงานแปลเอกสาร
ปัจจุบันบุคลากรในสำนักงานเลขานุการ ทั้ง 4 กลุ่มงานประกอบด้วย ข้าราชการพลเรือน 2 คน พนักงานมหาวิทยาลัย 6 คน และพนักงานสัญญาจ้าง 1 คน รวมทั้งสิ้น 9 คน ซึ่งบุคลากรทุกคนในสำนักงานเลขานุการร่วมกันทำงานเพื่อความก้าวหน้าและประโยชน์ของมหาวิทยาลัย